• Tener un impacto sustancial en el desarrollo de la ecología como disciplina científica a nivel nacional e internacional a través de la publicación de artículos científicos de alta calidad, de libros especializados y de informes técnicos.

• Impulsar las áreas de investigación existentes en el Instituto y promover la formación de nuevas líneas.

• Contribuir a la formación de recursos humanos de alto nivel mediante la formación de doctores capacitados para realizar investigación y de profesionistas capacitados en resolver asuntos relacionados con problemas ambientales.

• Participar en el proceso de descentralización de la UNAM hacia sedes foráneas.