La misión del Instituto de Ecología es impulsar el desarrollo de la ecología como una disciplina científica. Para ello, el Instituto realiza investigación de alta calidad, forma investigadores y profesionistas en ecología, participa en la divulgación del conocimiento científico sobre temas ecológicos e interviene en proyectos encaminados a la resolución de problemas ambientales de México y del mundo.

El Instituto de Ecología tiene la vocación de ser el centro de investigación y formación de recursos humanos líder en el campo de la ecología a nivel nacional e internacional, manteniendo para ello un nivel de competitividad de clase mundial.