El Instituto de Ecología tiene sus raíces en el Laboratorio de Ecología de Poblaciones, fundado en 1972 en el seno del Instituto de Biología. En 1985 se creó el Departamento de Ecología, todavía dentro del Instituto de Biología. Por acuerdo del Consejo Universitario del 23 de marzo de 1988, el grupo adquirió la categoría y nombre de Centro de Ecología, y se trasladó a los edificios que hoy ocupa el Instituto de Ecología en Ciudad Universitaria. El Instituto de Ecología, con su nombre actual, fue creado por acuerdo del Consejo Universitario del 13 de noviembre de 1996.
——El Centro de Ecología fue creado sin una estructura departamental para permitir que las políticas de estructuración académica se formularan en el seno del Consejo Interno, el cual organizó cinco unidades de investigación (Ecofisiología, Ecosistemas, Comunidades, Biología de Poblaciones y Manejo y Conservación de Recursos Bióticos) y cuatro unidades de apoyo (Biblioteca, Cómputo, Laboratorio de Análisis Químicos e Invernaderos, Cámaras Ambientales y Talleres).
——En 1994 el Centro de Ecología creó una estructura académica nueva que incluyó los departamentos de Ecología Aplicada, Ecología Evolutiva y Ecología Funcional.
——En 1996, el Instituto de Ecología reestructuró la organización interna para formar los departamentos de Ecología Evolutiva, Ecología Funcional y Aplicada y Ecología de los Recursos Naturales, este último localizado en el campus Morelia de la UNAM.
——En 2003 el Departamento de Ecología de los Recursos Naturales se transformó en el Centro de Investigaciones en Ecosistemas, y el Instituto de Ecología se reestructuró en los departamentos de Ecología Evolutiva, Ecología Funcional y Ecología de la Biodiversidad.
——Desde sus inicios, el grupo académico de Ecología ha participado activamente en la formación de recursos humanos. En 1985 se creó el doctorado en ecología a través de la Unidad Académica de los Ciclos Profesional y de Posgrado del Colegio de Ciencias y Humanidades (UACPyP-CCH). Actualmente, el Instituto de Ecología es entidad académica participante en los posgrados en Ciencias Biomédicas y en Ciencias Biológicas, ambos programas adecuados al Reglamento General de Estudios de Posgrado de 1995.
——En el momento de su creación, el Centro de Ecología contaba con una planta de 13 investigadores y seis técnicos académicos. En 1996, al crearse el Instituto de Ecología, laboraban 45 investigadores y 19 técnicos académicos. En 2003, 20 investigadores y ocho técnicos académicos cambiaron su adscripción al Centro de Investigaciones en Ecosistemas de la UNAM.
Actualmente la planta académica del Instituto está conformada por 40 investigadores y 25 técnicos académicos.
